1.1 Résumé
Suite à l’implémentation du Plan Maroc Vert, le ministère de l’agriculture a lancé la nouvelle stratégie agricole « Génération Green » qui fait du développement de l’agriculture de précision une composante principale pour la consolidation et le développement des filières agricoles et la modernisation de l’agriculture nationale. Les atouts du secteur de l’élevage des ruminants au Maroc vont lui permettre d’intégrer les techniques de smart-breeding afin de concevoir des schémas de développement durables, efficaces, et s’inscrire ainsi dans l’élevage de next-generation. C’est ainsi que le premier axe de ce mégaprojet se basera sur les dernières avancées technologiques dans plusieurs domaines et disciplines, notamment en technologies de reproduction, télé-phénotypage, transcriptomique, génomique, bioinformatique et en génétique quantitative. Il prévoit de caractériser les systèmes d’élevage des ruminants dans plusieurs régions du pays et d’étudier leur dynamique spatio-temporelle dans le contexte agro-éco-climatique actuel. Par ailleurs, il prévoit de caractériser les races les moins étudiées de point de vue zootechnique et génomique, de mettre en place des techniques innovantes de gestion de la reproduction et enfin de concevoir un programme de sélection génomique durable qui permettra d’améliorer les caractères de production et d’adaptation aux environnements contraignants. Ceci sera basé sur l’exploitation des dernières avancées en phénomique, transcriptomique et génomique pour améliorer la prédiction des traits économiques et adaptatifs à partir des données génomiques. Ce travail se focalise initialement sur la race Sardi et le concept une fois réussi sera étendu aux autres races et espèces. Ces approches, une fois développées, pourraient être généralisées pour mettre à niveau la stratégie de gestion de l’élevage des ruminants au Maroc pour qu’elle soit en phase avec les défis économiques, sociétaux et environnementaux.
Mots clés : Ressources génétiques locales, performances zootechniques, adaptation, sélection génomique, conservation des semences, diversité génétique, reproduction
1.2 Contexte et point de situation
1.2.1 Orientations stratégique
L’élevage représente l’un des piliers de l’agriculture marocaine de par son importance socio-économique et son ample contribution à l’alimentation des populations. Il concerne 74% des exploitations agricoles, assure 38% du chiffre d’affaires du secteur agricole et 60% d’emplois en agriculture (MADRPM, 2014). Au terme de l’implémentation du Plan Maroc Vert, la stratégie Génération Green 2020-2030 a fait de la consolidation du développement agricole l’un de ses fondements. Pour la filière viandes rouges, cette consolidation passe par l’amélioration de la productivité des troupeaux dans un environnement agro-socio-écologique de plus en plus contraignant. L’objectif qu’il fixe pour 2030 est d’augmenter la production des viandes rouges de 606.000 à 950.000 tonnes, le poids moyen des carcasses de 245 à 270 kg chez les bovins et de 16 à 20 kg chez les ovins. Ceci passera nécessairement par: (i) une meilleure connaissance des ressources génétiques des populations et races animales élevées et des systèmes où ils évoluent (ii) la conception et l’implémentation des stratégies d’amélioration durable de ces ressources génétiques et l’adoption de systèmes d’élevage garantissant une meilleure efficience de l’utilisation des ressources biotiques et financières disponibles.
Le présent axe est composé d’éléments stratégiques qui intègre les deux dimensions du GG à savoir le territoire et la filière tout en répondant aux doléances des parties prenantes exprimées lors des ateliers régionaux de cadrage du PRMT 2021-24. En effet, les besoins exprimés se concentrent autour de (i) la préservation des ressources génétiques locales, (ii) la modernisation des pratiques de gestion pour une amélioration de la productivité des troupeaux et (iii) la durabilité des systèmes d’élevage. Ces doléances couvrent principalement 6 régions administratives à savoir Tanger-Tétouan-Al Hoceima, Rabat-Salé-Kénitra, Béni Mellal-Khénifra, Casablanca-Settat, Drâa-Tafilalet, et l’Oriental. Les espèces concernées sont l’ovin, le caprin et le bovin.
Afin de développer des actions de recherche efficace répondant de la meilleure façon possible à ces différentes problématiques, une équipe de scientifiques pluridisciplinaire riche et diversifiée ayant été déjà impliquée dans des projets nationaux et internationaux s’est formée. Il s’agit de profils spécialisés dans la génétique, les sciences de la reproduction, et les systèmes d’élevage et appuyé par des disciplines telles que la technologie alimentaire et l’agro-économie. Cette équipe se penchera sur l’implémentation des différentes activités en faisant appel aux ressources de l’INRA et éventuellement aux ressources externes qui seraient obtenus via les différents appels à projets nationaux et internationaux. Cette implémentation sera réalisée notamment en collaboration avec des partenaires régionaux, nationaux et internationaux comme décrit dans les sections suivantes.
1.2.2 Etat de l’art :
Situation actuelle du secteur de l’élevage
L'élevage se place parmi les secteurs clés de l'agriculture marocaine vu son rôle de première importance sur les plans économique, social et nutritionnel. Il intéresse près d’un million de foyers ruraux et contribue à la formation des revenus de 75% des exploitants agricoles. Cette population exploite un patrimoine animal important évalué à 28,6 millions de têtes dont 3,2 millions de bovins, 19,2 millions d’ovins et 6,2 millions de caprins. Dans ce secteur, la filière viandes rouges représente à elle seule 18% du PIB agricole du pays et assure environ 40% de l’ensemble des emplois agricoles. A partir de 2008, le pays s’est engagé dans la stratégie nationale de développement agricole «Plan Maroc Vert» (PMV) qui a permis à la filière des viandes rouges d’enregistrer une production de 603.000 tonnes en 2018 contre 400.000 tonnes en 2008, soit une augmentation de 98,5% (612.000 tonnes) de l’objectif fixé pour 2020 (MAPMDREF, 2019). La production des viandes rouges découle dans 50% de l’élevage bovin, 36% de l’ovin et 7% du caprin. La consommation des viandes est de 17,3 kg/habitant/an actuellement contre 11 kg/habitant/an en 2008.
A l’égard du cheptel ovin national, il est à noter qu’il compte environ 20 millions de têtes (MAPMDREF, 2019), est composé à 99% d’une panoplie de races et populations locales. A nos jours, cinq races noncomposites sont caractérisées et standardisées : Sardi, Boujâad, Béni Guil, Timahdite et D’man. D’autres races sont en cours de caractérisation : Saghro, Noire de Siroua, Blanche de montagne. Ces races sont localisées dans des zones géographiques délimitées légalement appelées « Berceaux de races ». Les statistiques sur ces races auraient évolué considérablement depuis le recensement général de l’Agriculture et la structure du cheptel ne se trouve plus d’actualité. L’élevage ovin est, pour la majorité des exploitations agricoles, de type familial, extensif et basé principalement sur l'exploitation des ressources naturelles. Les revenus de ces élevages sont généralement limités par une faible productivité des animaux. La majorité des élevages est confrontée à des contraintes techniques liées principalement à la disponibilité des ressources alimentaires, à la maîtrise des techniques culturales pour la production fourragère et à la conduite technique des troupeaux.
Pour ce qui est de l’élevage caprin, il est à souligner qu’il a la particularité de se trouver concentré dans les zones de montagnes et des parcours dégradés où il constitue une activité socio-économique importante pour la population locale. Cet élevage souffre d’un net retard de développement par rapport aux filières ovine et bovine. Ce n’est que récemment que le caprin a vu un intérêt suite à la demande du consommateur. Les effectifs du cheptel caprin marocain subissent généralement des fluctuations saisonnières et annuelles dues essentiellement à la sécheresse que connaît le pays. Ces effectifs oscillent entre 5 et 6 millions de têtes. Jusqu’au début du 21ème siècle, seule la chèvre Draa a été caractérisée morphologiquement et ses performances ont été déterminées. Ces dernières années, des travaux de description et d’homogénéisation des troupeaux, menés par le Ministère de l’Agriculture et l’Association Nationale Ovine et Caprine (ANOC), ont différencié trois sous-populations (Atlas, Barcha et Ghazzalia) au sein de la chèvre noire, la chèvre Hamra et la chèvre Béni Arouss. En l’absence de statistiques officielles, la structure phénotypique du cheptel caprin marocain serait, selon les estimations non-officielles de l’ANOC, 40% de race/population Noire, 10% de la race Barcha, 10% de la Ghazalia, 8% de la race Hamra, 2% de la chèvre Draa et la chèvre Beni Arouss. La présence de races exotiques ne dépasserait pas les 1% selon ces mêmes estimations. Ces races exotiques ont été utilisées dans certains plans de croisement de métissage. D’autre part, l’ensemble des races et populations locales sont généralement caractérisés par leur rusticité et leur adaptation à la fois à l’environnement climatique, aux ressources alimentaires, aux pathologies et au mode de conduite.
L’élevage bovin a connu différentes stratégies pour son développement visant dans la majorité des cas l’intensification de la production et l’augmentation de la productivité. Cet élevage est d’un côté un élevage moderne et productif qui est surtout localisé dans les zones irriguées et de l’autre côté un élevage traditionnel et familial dans les zones sèches et défavorisées. Le bovin participe à plus de 50% pour l’approvisionnement du pays en viande rouge et environ 96% en lait. Grâce aux efforts déployés depuis la mise en place du plan laitier en 1975 et surtout dans le cadre du PMV, les deux filières lait et viande ont pu bénéficier de nombreuses actions de développement ce qui a engendré une augmentation des effectifs et de la production. Ainsi, un accroissement annuel moyen de 1,2% (pour atteindre 3,43 millions de têtes en fin 2018) a été enregistré. La part des races exotiques ou croisées est supérieure à 70% au détriment de la race locale qui ne représente actuellement que 30%. En effet, en l’espace de quelques décennies, la structure génétique du cheptel bovin a subi une mutation profonde. Les races locales ont fait l’objet d’une érosion génétique considérable. La part du type local, qui était de 95% au début des années 70, a diminué rapidement, suite notamment aux importations et aux croisements (Chatibi, 2011). Actuellement on distingue le type local : représenté par les races Brune de l‘Atlas, Oulmès-Zaer, et Tidli. Néanmoins, la majorité des auteurs ne distingue pas les différentes races locales pures, ils préfèrent s’en tenir à l’appellation « type local » ou « race locale ». Le type amélioré pur : ce type, dont la proportion est en nette progression, est représenté essentiellement par les races laitières spécialisées d’origine importée, e.g. (Holstein). On rencontre aussi, mais avec des proportions très faibles, les races Montbéliarde, Fleckvieh et Tarentaise. Récemment, le croisement industriel a engendré un nouveau système de production. En effet suite à la subvention accordée en 2010, aux veaux croisés issus des élevages du croisement industriel utilisant des races viandeuses (Blanc Bleu Belge, la Piemontaise, les races Françaises Charolaise et Limousine) et bien d’autres races bovines a pris de l’ampleur.
Les acquis de l’INRA en génétique et en reproduction
Pour répondre à la demande en recherche sur les ovins, l’INRA s’est penché depuis les années 90 et jusqu’à aujourd’hui sur des questions mettant en œuvre des recherches participatives sur le terrain et en station dans cinq agro-écosystèmes majeurs de production ovine, à savoir le système pastoral de l’Oriental, le système agro-sylvo-pastoral du Moyen Atlas, le système agro-pastoral en bour défavorable, le système agro-pastoral en bour atlantique, et le système oasien. Un premier bilan des acquis de 1996-2006 a été publié dans un ouvrage édité par Boulanouar et Paquay (2006). L’ouvrage décrit les acquis des recherches effectuées et ce pour chacun des cinq systèmes de production identifiés. Dans leur globalité ces recherches se sont intéressées aux races Sardi, Boujaâd (Chikhi et Boujenane 2003a, 2003b, 2004, 2006a; et D’man (Kerfal, 2006; Kerfal et al., 2005) dans les stations de l’INRA ou sur leurs zones berceaux respectives ainsi que sur les races Timahdite, Béni Guil, Boujâad et D’man en , race pure dans la zone bour Atlantique Intermédiaire et aussi en croisement industriel et à double étage (El Fadili 2001, 2005a; 2005b; El Fadili et al., 2008, 2011). Cette caractérisation avait trait aux performances de reproduction, de croissance et d’engraissement, de la carcasse et l’estimation des paramètres phénotypiques et génétiques de ces performances. Quant à la production et à la qualité de la laine, les travaux réalisés ont montré que le poids de la toison chez les races locales est en moyenne de 2 kg et qu’il s’agit d’un caractère héritable chez les races Sardi et Boujaad (Chikhi et Boujenane, 2006b, El Fadili, 2006). En outre, quelques programmes de création de nouvelles races synthétiques ont été implémentés en se basant sur le croisement de la race D’man (utilisée comme race paternelle) avec les autres races locales «standardisées». Le premier basé sur la race Timahdite a abouti à la création de la race INRA180 (El Fadili, 2011). Le deuxième a consisté en croisement avec la race Boujaad et a abouti à la création de la race Deroua (Benjelloun et al., 2019). Pour ce qui est des systèmes d’élevage, selon des données anciennes, à l’exception de la race D’man, toutes les races marocaines sont conduites en élevage majoritairement extensif. Ainsi, à l’exception du système d’élevage dit oasien (Kradi et Boulanouar, 2006), les autres systèmes sont soit à caractère pastoral comme celui de l’Oriental (Bechchari et al., 2006), à caractère agro-pastroal comme ceux du bour défavorable (Tarhzouti et al., 2006) ou atlantique (El Housni et al., 2006) ou à caractère agro-sylvo-pastoral comme celui du Moyen Atlas (El Amiri, 2006; Chergaoui et Boulanouar, 2006). Les recherches entre 2006-2020 sont présentées en format résumé sur les rapports d’activités de l’INRA. Mais en résumé les travaux menés lors des deux derniers PRMT en matière de caractérisation au niveau génomique ont montré que les petits ruminants au Maroc sont caractérisés par une forte diversité au niveau de leurs génomes bien supérieure à celle des races cosmopolites et même supérieures par rapport à celles présentes au centre connu de domestication (Benjelloun et al., 2019). Cette diversité globale est faiblement structurée entre les régions et les populations (Benjelloun et al., 2015, Ibnelbachyr et al., 2017, El Moutchou et al. 2017b). Cependant, ces travaux ont identifié quelques régions génomiques (un nombre limité de marqueurs) qui contrôleraient les caractères phénotypiques différenciant les principales races et populations caprines (Benjelloun et al. 2015). Il s’agit de régions génomiques contrôlant la fertilité, la couleur de la robe, la taille des animaux, le métabolisme musculaire,.... En outre, les régions génomiques associées à des environnements contraignants en termes de température, précipitations, altitude, radiations solaires et leurs variations ont été énumérées (Benjelloun, 2015, Benjelloun et al. submitted). Pour la laine, en parallèle, des études ont été réalisées à l’IAV et à l’ENA, chez les ovins de Siroua (Kandoussi, 2017), qui est une race connue pour sa vocation lainière élevée dans une région où la laine présente un intérêt socio-économique important, la toison pesait en moyenne 1,5 à 2 kg (Chihab, 2019). D’autres études plus récentes se sont intéressées à la détermination de la longueur des fibres de laine chez les races locales, y compris la Blanche de montagne qui enregistre des performances bien meilleures que les autres races (Janoune et Fagouri, 2011; Boujenane et Petit, 2016; Kandoussi, 2017). Cependant à l’exception de l’estimation de ces paramètres lainières, aucun travail de recherche n’a été mené, à notre connaissance, sur l’évaluation de la qualité de la laine en utilisant des indicateurs plus informatifs tel que le rendement, le diamètre de la fibre, etc.
Chez les caprins, les acquis de l’INRA en matière de génétique ont été présentés lors des 1ière journées sur les ruminants édité par El Fadili (2013) «L’élevage caprin : acquis de recherche, stratégie et perspectives de développement». En outre d’autre travaux se sont intéressés à l’évaluation des performances de la race Drâa (Ezzahiri et Ben Lakhal, 1989; Boujenane et El Hazzab, 2008; Boujenane et al., 2010 ; Ibnelbachyr, 2015). Les travaux concernant la population caprine du nord du Maroc ont porté sur les performances de production (Chentouf et al., 2009) et la caractérisation morphologique (El Moutchou et al., 2017) et génomique (El Moutchou et al., 2017b ; 2018). La race Beni Arous, a bénéficié également d’un important travail de caractérisation morphologique (Hilal et al., 2016a), zootechnique (Hilal et al., 2016 b) et génomique (Hilal et al., 2016 c) ayant contribué à sa reconnaissance officielle par le MAPMDREF.
Pour l’amélioration de la reproduction des petits ruminants, des études de diagnostic ont été menées sur les races Boujaad (Chentouf, 1998) et Timahdite (El Amiri, 1998) dans leurs berceaux respectifs. Par la suite, les recherches sur cette thématique aussi bien chez les ovins que les caprins se sont orientées vers différents aspects dont la physiologie et la maîtrise de la reproduction, la conservation de la semence et l’insémination artificielle comme outil de base à l’amélioration génétique. Pour les ovins, l’INRA a mené des études sur la femelle de race Boujaad (El Amiri, 2010; El Khalil et al., 2018) et la conservation de la semence chez Boujaad et INRA180 (Allai et al.,2016; Benmoula et al., 2017). Par ailleurs, des études sur le diagnostic de la gestation ont été menées sur des Boujaad et des croisées Boujaad x D’man (El Amiri et al., 2013). Pour les caprins, l’INRA a mené des recherches sur les caprins du nord avec des travaux sur le diagnostic précoce de la gestation par l’utilisation des PAG (Chentouf et al., 2008), la physiologie de la reproduction chez la femelle (Chentouf, 2017; Chentouf et al. 2011) et le mâle (Chentouf et al., 2011; El kadili et al., 2019), la conservation de la semence (Chentouf et al., 2012) et la maîtrise des cycles chez la femelle (El Kadili et al., 2019 a, b). Le diagnostic des modes de conduite de la reproduction a révélé des défaillances causant des problèmes de consanguinité, des taux de mortalité élevés, une alimentation raisonnée selon les moyens de l’éleveur, pas selon les besoins physiologiques de l’animal, des réformes non raisonnées, etc.
Pour le bovin, les études réalisées par l’INRA restent très limitées et se concentrent principalement sur les études suivantes.
-Moussafir Z, Allai L, El Khalil K, Essamadi A, El Amiri B. 2018. Could a bovine pregnancy rapid test be an alternative to a commercial pregnancy-associated glycoprotein ELISA test in dairy cattle? Anim Reprod Sci, 192:78-83.
- Lakhssassi K. et El Fadili M. 2012. Caractérisation des élevages en croisement terminal bovin dans la région de Doukkala. Séminaire ANPA 2012, Programmes d’amélioration génétique des bovins et conséquences sur les systèmes d’élevage, 7‐8 juin 2012, IAV‐Hassan II, Rabat
-Productivité des ovins et bovins en zone de montagne : Province d’Azilal. Benjelloun B, Boulanouar B, 2007.
- Connaître les exploitations pour définir les thèmes de recherche fourragère : Rapport sur une enquête dans le Tangérois (Notfia, 1994).
- Production fourragère et gestion de l’élevage dans six groupements de l’ANOC au Moyen Atlas (Bätke, 1994)
Recherche envisagée
Afin de combler le déficit en recherche sur les thématiques de recherches en génétique et reproduction, le présent axe se propose les activités suivantes :
● Étude des systèmes d'élevage de 4 races locales dans différents systèmes.
● Caractérisation des races ovines Siroua et caprines du Nord et du Sud-Est sur le plan zootechnique
● Étude de la diversité génétique et la structuration démographique au sein des races ovine Siroua et Sardi et bovine Oulmes-Zaer.
● La mise en place d’un programme de sélection génomique pour la race Sardi
● Maîtrise de la reproduction des ovins Sardi, des caprins du Nord et des bovins de la région Casablanca-Settat suite à l’adoption de nouvelles techniques
L’étude des différents systèmes suite aux défis et changements que connaît l’élevage donne à l’étude un grand intérêt étant donné que nous ne pouvons pas dissocier l’animal de son environnement. L’étude poursuivra donc la genèse des données zootechniques sur des races non étudiées jusqu’à présent ou dont les thématiques n’ont jamais été approchées.
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1.2.3 Justification du projet (intérêt et originalité)
L’élevage ovin représente l’un des piliers de l’agriculture marocaine de par son importance socio-économique et de son ample contribution à l’alimentation des populations. Les animaux sont élevés sous des conditions environnementales très contrastées. De même, la composition des troupeaux est très diversifiée aussi bien sur le plan phénotypique que celui génétique. Depuis la mise en place du plan moutonnier, en 1980, la gestion des ovins est basée sur l’exploitation en races pures de 5 principales races identifiées sur le plan phénotypique. Dans le cadre de la préparation du présent PRMT 2021-2024 et au cours de l’étape de diagnostic des problèmes des filières animales au niveau des différentes régions qui relèvent des zones d’action de l’INRA, les principales problématiques qui ont été recensées sont: i) un faible niveau de valorisation de la diversité génétique existante au sein des populations et races locales, ii) absence de programmes de développement des productions animales en systèmes extensifs intégrant la caractérisation des populations et races et de leurs modes de conduite, iii) des systèmes de sélection/évaluation phénotypique basée sur une observation subjective des animaux (hautement influencée par l’environnement) par la Commission Nationale de Sélection et de Marquage (CNSM) qui ne permet pas d’exploiter et de valoriser le progrès technologique dans les programmes de sélection (iv) Une reproduction très peu maitrisée (v) des systèmes d’élevage peu adaptés aux enjeux économiques, sociaux et environnementaux (vi) l’absorption apparente du cheptel ovin par quelques races/variantes, et (vii) l’absence totale de l’utilisation des technologies de reproduction telle l’insémination artificielle. Les avancées technologiques récentes dans les domaines de la génomique et de technologies de reproduction, peuvent permettre désormais de prévoir une gestion intelligente des ressources génétiques des animaux d’élevage et un monitoring/mitigation efficace des risques présents et futurs. A titre indicatif, la sélection génomique est de plus en plus utilisée pour améliorer les caractéristiques zootechniques dans de nombreux pays (par exemple, Hutchison et al. 2014; Mrode et al. 2018). Toutefois, elle reste généralement appliquée pour améliorer les traits de production (e.g., la production laitière) sans tenir compte de l'adaptation locale et/ou de la variation génétique permanente qui représente la garantie de réussite et de durabilité de tout programme d’élevage. Les techniques de télé-phénotypage massif en cours de développement peuvent relever des niveaux des traits physiologiques en temps réel sur les animaux d’élevage (e.g. microcapteurs robustes incorporés dans des gouttelettes de verre et implantés en sous-cutané chez les animaux). D’autre part, malgré les efforts de tous les intervenants, l’espèce ovine souffre d’une conduite de reproduction déficiente qui ne répond pas aux besoins du marché. En effet, une grande partie de la production se trouve au même moment sur le marché provoquant une saturation lors de la fête du sacrifice. Par ailleurs, avec un pic des agnelages entre octobre-novembre, les antenais ne peuvent pas être prêts pour la fête du sacrifice et souvent traînent une année de plus dans l’élevage avec une augmentation de la charge de l’exploitation. C’est dans ce cadre que les techniques de maîtrise de la reproduction peuvent avoir un grand intérêt pour le présent axe.
Pour le caprin le projet s’intéressera aux races du nord et celles du sud (Région Draa-Tafilalet) Dans les deux, le diagnostic de préparation du mégaprojet a montré une faiblesse de la productivité des élevages et qui est la résultante de plusieurs contraintes liées directement à l’animal dont: i) méconnaissance des ressources génétiques locales soumises à un intense processus d’érosion, ii) une très faible adoption de l’insémination artificielle, outils indispensable pour la diffusion du progrès génétique, iii) un faible développement de l'aval de la filière tenant en compte des nouveaux aspects de la qualité à savoir les considérations éthiques (respect de l’environnement et du bien-être animal) et culturelles (terroir, tradition ou typicité). Ces considérations ont un impact sur les conditions de la production des aliments avec comme conséquence un encouragement en faveur des signes spécifiques (label, AOC, AOP, BIO) valorisant en mieux les viandes et les produits laitiers par l'amélioration de la qualité et la promotion de la consommation. Pour se faire, il est nécessaire d’améliorer les conditions d'élevage par l’adoption de solutions techniques innovantes qui prennent en considération les spécificités régionales et peuvent contribuer à l’amélioration de la productivité des élevages.
A l’égard du bovin, il est à noter que l’INRA se lancera à nouveau sur cette thématique qui est d’un grand intérêt pour les éleveurs. Depuis les années 90, l’INRA s’est lancée sur des études intensives en ovins puis en caprin. Les préparatifs de ce PRMT ont montré l’intérêt que portent les éleveurs pour cette espèce. Depuis la mise en place du Plan Laitier en 1975, l’élevage bovin a connu une transformation remarquable surtout avec l’importation massive des races laitières spécialisées et les nombreux croisements pratiqués entre les bovins importés et les bovins locaux. Ce qui a réduit considérablement les effectifs de races locales en raison de leur production limitée au profit de bovins de type croisé et des races importées. Par conséquent, une érosion génétique drastique a été marquée. Par ailleurs, suite à l’utilisation intensive de l’insémination deux grands problèmes liés à la reproduction se posent avant et après l’IA. En effet, la détection des chaleurs est le premier problème constaté vue qu’elle est basée sur l’observation subjective d’une main d’œuvre non qualifiée. Ceci reste inefficace dans plusieurs cas ce qui conduit à des retours en chaleur et des inséminations répétées (2 à 3 inséminations non fécondantes). Le deuxième problème est l’abattage de vaches pleines par manque d’un diagnostic de gestation précoce. A chaque perte d’un veau, une perte considérable est notée au niveau de l’économie de l’exploitation et se répercute sur le niveau de vie de l’éleveur. D’où l’intérêt de la détection précoce de gestation pour le suivi de la reproduction.
L’originalité du présent axe réside dans le fait qu’il se base sur l’introduction d’outils intelligents de suivi des performances adaptatives et de reproduction des troupeaux (PLF precision livestock farming), notamment via l’utilisation des capteurs (IoT: Internet of Things) permettant un relevé continu des traits physiologiques. Il est basé également sur l’utilisation d’outils innovants de collecte et d’analyse des données génomiques et des algorithmes innovants permettant de concevoir et d’implémenter des programmes de sélection génomique de nouvelle-génération permettant d’améliorer les caractères de production et les traits d’adaptation et de maintenir la diversité génétique au sein des animaux d’élevage. En outre, cet axe touche les principales espèces de la filière Viandes Rouges (ovin, caprin, bovin) qui ont un grand intérêt économique, élevées dans des zones contrastées sous différents angles. Ainsi, le présent axe s’insère parfaitement aux orientations de la stratégie GG (Génération Green 2020-2030).